Na levém břehu Vltavy se zahrada
rozkládala přibližně v místech proti smíchovskému předmostí Jiráskova mostu.
Dnešní Dienzenhoferovy sady jsou jejím zbytkem. Při stoleté velké vodě v roce 1890,
která významně poškodila i Karlův most, utrpěla i botanická zahrada na
Smíchově. Poté se definitivně rozhodlo o přestěhování zahrady do ulice Na Slupi
na Novém Městě.
První skleníky jsou z roku 1882. Kromě oleandrů a myrt, které
pamatují ještě zahradu na Smíchově, zde roste i strom Wollemia nobilis, který
byl objeven v Austrálii teprve v roce 1994. Může dorůst až do výšky 40 metrů,
ten Na Slupi má teprve metr. Celý rok se ve sklenících, které prošly na konci
minulého století rekonstrukcí, konají zajímavé výstavy, tradiční jsou například
expozice kaktusů nebo exotického ptactva.